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Descriptif du poste
Le laboratoire CREATIS est une unité de recherche en imagerie médicale se fédérant autour de l'identification des grandes questions de Santé pouvant être abordées par l'imagerie et l'identification des verrous théoriques en traitement du signal & des images, en modélisation & en simulation numérique dédiés à l'imagerie du vivant.
La personne recrutée évoluera au sein d'un service informatique et développement composé de 6 ingénieurs (4 IR, 2 IE). Ses activités dans le cadre du laboratoire CREATIS (200 personnes) l'amèneront à côtoyer à la fois des doctorants, des chercheurs et des médecins dans un contexte international. Il.elle devra donc faire preuve d'une grande capacité d'adaptation selon les problématiques rencontrées. Il.elle sera intégré.e au niveau du département-composant GEP et bénéficiera ainsi des services et environnements du département.
Missions principales
La personne recrutée assurera le développement et la maintenance d'applications et de logiciels de recherche en apprentissage profond et masse de données en imagerie médicale et biologique au sein du laboratoire CREATIS. Ces développements s'effectueront à la fois dans le cadre de projets internes ou d'envergure nationale ou internationale. La mise à disposition via des modules interopérables et évolutifs pour la communauté sera un élément important du travail de l'ingénieur.e, en particulier au vu du caractère critique des données analysées et ainsi que de l'aspect extrêmement compétitif des domaines d'application. . L'ingénieur.e recruté.e s'inscrira dans une démarche qualité afin d'accompagner la mise à disposition des développements à une large communauté scientifique. Ces activités s'inscriront dans des projets structurants et fédérateurs pour le laboratoire. L'ingénieur.e sera force de proposition sur les technologies émergentes et mutualisables sur différentes collaborations.
Activités principales
- Assurer le développement de logiciels ou de plugins de recherche et de calcul scientifique.
- Développer des interfaces avancées pour visualiser des données médicales 3D/4D et les données dérivées associées.
- Containériser des algorithmes pour des déploiements sur des clusters de calcul.
- Porter et maintenir des algorithmes en apprentissage profond en collaboration avec les chercheurs du laboratoire sur des problématiques de sclérose en plaques ou segmentations de structures pathologiques.
- Assurer l'intégration continue des logiciels à fort impacts du laboratoire.
- Mettre à disposition des applications ou librairies fédératrices ou émergentes en assurant un contrôle qualité renforcé.
Logiciels ou matériels spécifiques utilisés : slicer3D, bibliothèques d'apprentissage profond
Spécialité/domaine (facultatif) : informatique/traitement d' images
Expérience professionnelle souhaitée dans le domaine : Débutant accepté
Compétences attendues :
- Langages de programmation orientés objet, particulièrement Python, Java, C++
- Langages orientés web : Javascript, React
- Langages de programmation BDD : NoSQL(mongodb), MYSQL
- Librairies d'apprentissage profond: Tensorflow, PyTorch, Keras
- Framework : slicer3D, Monai, OHIF, Girder
- Contenérisation : Docker, Dockerhub
Connaissances :
- Formats d'images en imagerie médicale (DICOM, Nifti), et systèmes d'imagerie (PACS)
- Algorithmies en traitement d'images
- Outils de versioning et de travail collaboratif (git) et de gestion de projets (gitlab)
- Outils de déploiement et d'intégration continue
Savoir être :
- Savoir s'intégrer dans des projets existants en étant force de proposition
- Esprit de synthèse