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Contexte scientifique
Il existe au sein du laboratoire CREATIS différents outils permettant de stocker, visualiser, manipuler ou traiter des données d’imagerie médicale (IRM, Ultrason, Scanner, etc). Ceux-ci sont indépendants, et généralement il n’est pas possible d’utiliser l’un de ces outils à partir d’un autre. L’objectif de ce stage est de remédier à cela et de permettre l’interopérabilité entre deux plateformes de traitement (AWESOMME et VIP) qui présentent chacune leurs avantages et fonctionnalités spécifiques. Cela aura plusieurs avantages et permettra de nouvelles fonctionnalités pour les deux plateformes :
les utilisateurs d’AWESOMME pourront lancer de nouveaux traitements lourds déjà disponibles sur VIP sur leurs données, et récupérer directement les résultats pour visualisation sur AWESOMME. Nous envisageons d’utiliser les traitements disponibles dans la suite Freesurfer pour cela (suite d’outils pour les images de neuro-imagerie).
les utilisateurs de VIP auront la possibilité de visualiser les images qu’ils auront produites sur AWESOMME. Cela sera permis pour les formats d’image supportés.
La plateforme AWESOMME, développée en collaboration avec le département de Radiologie du centre Léon Bérard (CLB) est une plateforme de visualisation et d’analyse avancée d’images médicales. Plusieurs pipelines spécifiques de traitement et d’évaluation de données patients sont accessibles pour des médecins et experts mais également pour des étudiants dans un cadre éducatifs. L’objectif de cette plateforme est de proposer une connexion entre les algorithmes et traitement de recherche réalisé à CREATIS et un environnement clinique pour des collections de données indépendantes. Deux instances sont actuelles déployées, une à CREATIS et une au CLB accessible depuis n’importe quel ordinateur appartenant au réseau de la clinique. Elle est basée sur 3 outils :
OHIF : portail web de visualisation d’analyse, point d’entrée des utilisateurs
Orthanc : serveur de stockage de données d’imagerie médicale utilisé en hôpital
Girder : plateforme de stockage, serveur pour certains services de traitement et de gestion de fichiers
En revanche, la plateforme AWESOMME possèdent actuellement des ressources de calcul limitées.
VIP (Virtual Imaging Platform) est un portail web (https://vip.creatis.insa-lyon.fr) pour la simulation et le traitement de données massives en imagerie médicale. En exploitant efficacement les ressources de calcul et stockage de l’e-infrastructure EGI, VIP offre à ses utilisateurs des services de haut niveau leur permettant d’exécuter simplement et de manière distribuée des applications d’imagerie médicale. VIP compte, en octobre 2022, plus de 1500 utilisateurs enregistrés et une vingtaine d’applications ouvertes à tous ses utilisateurs. 61 publications internationales ont été réalisées par des utilisateurs de VIP depuis 2011.
Sujet
Le/La stagiaire aura comme objectif de mettre en place cet interopérabilité et de mettre en œuvre les développements nécessaires. Les changements concerneront les différents outils (OHIF/Girder, VIP) et incluent :
permettre à VIP d’accéder aux données d’Orthanc
permettre à OHIF d’accéder aux données produites par VIP
permettre l’import dans VIP des applications de la suite Freesurfer
gérer la conversion entre différents formats de fichier si besoin (DICOM, Nifti)
gérer l’authentification et l’échange d’autorisation lors des accès entre AWESOMME et VIP
Le/La stagiaire devra prendre en charge l’entièreté du cycle de développement (étude, conception, implémentation, tests) pour répondre à ces problématiques tout en prenant en compte les contraintes liées à chaque plateforme. Les développements se feront dans les langages de programmation des différents composants (principalement Javascript/React et Python). Il/Elle sera accompagné de plusieurs superviseurs dans ces tâches qui seront présent au quotidien pour répondre à ses questions. En particulier, la validation de la conception se fera en équipe et les développements feront l’objet de reviews sur une forge (Github ou Gitlab).
Compétences requises
Bonnes compétences en ingénierie logicielle (Git, Github/Gitlab)
Connaissances en Python, programmation web (javascript, React), Java
Des connaissances dans les outils et technologies suivants seraient un plus : Docker, API REST
Environnement de travail
Le/La sera stagiaire accueilli au laboratoire CREATIS sous la supervision d’Axel Bonnet et Tiphaine Diot. Il/Elle interagira avec les autres ingénieurs info-dev et les membres du laboratoire CREATIS. Il travaillera dans un cadre bienveillant ayant pour objectif de supporter au mieux la recherche scientifique.
Durée
4 à 6 mois
Superviseur et contact
Pour candidater, envoyer CV + lettre de motivation aux adresses mail suivantes :
Axel Bonnet, email : axel.bonnet[at]creatis.insa-lyon.fr
Tiphaine Diot, email : tiphaine.diot[at]creatis.insa-lyon.fr