[Vv] VV pour appliquer une rotation à une série dicom

[Giorgio De Nunzio]

Je m'excuse, j'ai envoyé le message ci-dessous directement à David 
Sarrut parce-que je n'avais pas vu l'adresse dédié a VV.

Merci.

Giorgio De Nunzio



-------- Messaggio Inoltrato --------
Oggetto: 	VV pour appliquer une rotation à une série dicom
Data: 	Sun, 20 May 2018 09:34:20 +0200
Mittente: 	Giorgio De Nunzio <giorgio.denunzio at unisalento.it>
A: 	David Sarrut <david.sarrut at creatis.insa-lyon.fr>
CC: 	Giorgio De Nunzio <giorgio.denunzio at unisalento.it>



Cher Dr Sarrut,

je suis en chercheur en physique pour la médicine, je travaille à
l'Université du Salento, in Lecce, Sud d'Italie. Je vous écris à propos
de VV.

A présent j'ai besoin d'appliquer des transformations affines (en
particulier des rotations arbitraires dans l'espace, pour commencer) à
des series DICOM (des CT sous forme de dicomdir): (1) ouvrir la serie,
(2) mettre le volume dans une variable, (3) appliquer la transformation
en choisissant le centre, la matrice, et la méthode d'interpolation, (4)
sauver sous le meme format de dicomdir (tout cela naturallement en
faisant attention au référentiel de coordonnées).

J'ai déja fait ce genre de choses dans le passé, en matlab, mais - au
lieu de chercher mon vieux code qui avait d'ailleurs des problèmes avec
les formats d'images lus - je voudrais voir s'il existe déja des
systèmes software open source pour le faire rapidement.

J'ai trouvé VV (que j'utiliserais sous Windows 10 64bit). J'ai vu que je
peux utilizer vv.exe pout ouvrir les series dicom (apparemment vv ne lit
pas le dicomdir, donc je dois le faire pointer directement au dossier
qui contien la série dicom). Puis j'ai vu clitkAffineTransform.exe:

"Resample with or without affine transform of 2D, 3D, 4D images or
vector fields"

Bingo, j'ai dit. J'imaginais quelque chose comme ceci:

clitkAffineTransform --input="mon_image" --output="resultat"
--matrix="ma_matrice_de_rotation" --interp=2

Questions:

1) j'ai essayé le simple

clitkAffineTransform --input="E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\dicomdir"
--output="pippo" --verbose

mais rien n'arrive. J'imagine que je ne peux pas utiliser le dicomdir
comme input.

2) puis-je appliquer directement clitkAffineTransform à une série dicom?
comment?

3) si je ne peux pas, (ce que je pense), je dois d'abord convertir la
série dicom vers un format différent, e.g. hdf5, par clitkDicom2Image,
puis utilizer clitkAffineTransform sur le hdf5, finalement convertir
l'image (sauvé après rotation et slicing) vers le dicom avec
clitkWriteDicomSeries (et je n'aurais de toute facon droit à une dicomdir).

Lorsque j'essaye sur une slice:

clitkDicom2Image
E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\I00001
--output="pippo.hdf5" --verbose

tout va bien, mais si j'essaye de convertir la série complète:

clitkDicom2Image E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\
--output="pippo.hdf5" --verbose

ou

clitkDicom2Image E:\DICOM_IMAGES\DCM_1132160646\DICOM\S00001\SER00002\*
--output="pippo.hdf5" --verbose

rien ne marche.

Or, je voudrais svp quelque conseil et des examples complets, si possible.

Merci d'avance! Excusez svp mes fautes de francais (et le manque de
cédille e d'accent circonflexe sur mon clavier!)

Giorgio

-- 
Giorgio De Nunzio PhD
Researcher and adjunct professor
Dipart. di Matematica e Fisica "Ennio De Giorgi", Univ. del Salento
INFN Sezione di Lecce
DReAM (Laboratorio Diffuso di Ricerca Interdisciplinare Applicata alla Medicina)
giorgio.denunzio at unisalento.it
tel +39 0832 297084-297051
mobile +39 320 3829845
http://orcid.org/0000-0002-1998-0286

"The whole problem with the world is that fools and fanatics are always so certain of themselves, but wiser people so full of doubts."
Bertrand Russell


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