[Dcmlib] RE: informations

[Jean-Pierre ROUX]

>En fait je suis en contact avec un physicien de chez siemens qui pourrait
>éventuellement me fournir l'information si elle est correctement formulée.
>Parce que même si ce n'est pas un dicom image (il s'agit en fait de spectres
>correspondants à chaque voxels) il doit bien y avoir qqpart une information
>concernant la position du voxel dans lequel le scan a été effectué.
>
>Ce que j'ai demandé au physicien c'est un dictionnaire dicom correspondant à
>l'image CSI, est ce bien ça ?

Pas tout a fait.
J'ai eu l'occasion de discuter + longuement avec les ingenieurs Siemens.
Le fichier CSI est une ruse utilisée par Siemens pour pouvoir envoyer sur
un PACS (Picture Archiving and Communication System) des invormations
spectro, qui ne sont en rien des images.

Ce fichier doit etre regardé de la meme maniere qu'on regarderait un
fichier EXCEL contenant un compte rendu d'examen, et qui aurait été
'emballé' dans du DICOM.

Une bonne connaissance de DICOM (que gdcm possède), permettrait de se
positionner sur le début du fichier EXCEL, mais de comprendre ce qu'il
contient ...

Dans ton cas, qq manip te peremettraient de récupéper l'equivalent des deux
fichiers meas.asc et meas.dat.
Ce qui n'aucun interet, puisqu'on les a deja ...
gdcm (pas plus qu'aucune autre library DICOM) n'est d'aucun secours.

En ce qui concerne la correspondance entre le spectre a l'interieur du
fichier de données et la position du voxel par rapport a une coupe
anatomique de reference, par exemple, on ne peut la trouver *que* dans des
documents internes a Siemens.

Il faudrait, à mon avis, que le prof responsable de ton projet fasse un
courrier détaillé a Siemens, expliquant l'interet pour la Santé, pour la
renommée mondiale de Siemens, etc,, car l'experience montre qu'ils sont
assez avares dans la fournitire de renseignements.
Il ya une dizaine d'années, ils avaient fait signer un engagement de
confidentialité a la Direction de l'Hopital et à celle du Laboratoire CNRS
avant de nous fournir la description des entetes de leurs images, qui etait
en fait un sous ensemble du Dictionnaire ACR-NEMA (l'ancetre de Dicom), et
que nous connaissions depuis longtemps.

Je fait transmettre la question, accompagnée de sujet de ton travail, a
'Siemens Allemagne', par les ingenieurs Siemens qui sont a Lyon.

JPRx


>
>Mon projet consiste en fait à recaler l'information spectro sur une coupe
>anatomique de référence (t1 ou t2) avec un code couleur adapté, afin d'avoir
>l'information visible par le médecin directement sur des images dicom
>transférables et non plus avoir un gros pâté coloré plaqué sur une image
>comme ça se fait actuellement. D'où l'importance capitale d'avoir les
>différentes informations spatiales afin de mettre l'image au bon endroit sur
>une coupe et aussi d'avoir le numéro du voxel correspondant.
>
>Si vous me dites que le dictionnaire est la seule chose dont j'ai besoin, je
>vais insister pour l'avoir, sans vous déranger à ce niveau.
>
>Une dernière chose, avec quoi voyez vous les différents champs ? Il faut que
>j'ouvre le fichier avec un hexadécimal ?
>
>Merci,
>	Olivier Stern
>
>-----Message d'origine-----
>De : Jean-Pierre Roux [mailto:jpr at creatis.univ-lyon1.fr]
>Envoyé : mercredi 18 mai 2005 18:01
>À : olivier.stern at swing.be
>Cc : dcmlib at creatis.insa-lyon.fr
>Objet : Re: informations
>
>olivier.stern at swing.be wrote:
>
>> Bonjour,
>>
>>
>[...]
>
>>
>> Puis une demande plus spécifique, avez-vous eu l'occasion de
>> travailler sur le fichier CSI que je vous ai transmis ?
>
>Le fichier CSI *n'est pas* une image.
>(pas d'element 0x7fe0,  etc).
>
>Son entete Dicom contient un 'Media Stored Class UID' prive de Siemens
>qui est connu sous le nom 'CSA Non-Image Storage]'
>
> 0002|0002 [Media Stored SOP Class UID] [1.3.12.2.1107.5.9.1 ]
>==>        [CSA Non-Image Storage]
>
>Le groupe 0x7fe1 contient, au debut, des info 'texte' suivies d'info
>'binaires', puis des info 'texte seulement', puis ce qui a l'air d'etre
>un signal (spectre?).
>Le tout n'etant *pas stocké* sous un format Dicom ou approchant.
>
>Sans une collaboration active de Siemens, il est impossible d'exploiter
>un tel fichier.
>
>J'ai contacté localement les ingenieurs Siemens, qui sont pessimistes
>sur le fait que Siemens-Allemagne réponde a leurs questions, si on ne
>leur dit pas dans quel contexte on veut exploiter tout ca.
>('Normalement', ces données ne sont pas supposées être visibles par les
>'clients')
>Ils ne veulent pas pas prendre le risque de poser la question, s'ils
>n'ont pas plus d'information :-(
>
>Pourrais-tu m'envoyer, par exemple, le sujet de ton projet, afin que je
>le joigne a la demande.
>
>Tu pourrais essayer, également de ton coté, de faire poser la question a
>Siemens par le medecin qui s'occupe de ca.
>(s'ils recoivent plusieurs fois loa meme question, preovenant de
>diffrentes sources, ils seront peut-etre plus cooperants)
>
>JPRx
>
>> Qu'en pensez-vous ? Y a-t-il moyen de retrouver des informations
>> spaciales la dedans (taille de la coupe, situation, épaisseur,
>> orientation, échelle, etc), car je me demande même si je vais pouvoir
>> savoir sur quelle coupe irm correspondante je vais recaller l
>> information si je ne sais rien sur l'axe des z. Peut-être y a-t-il
>> aussi moyen de récupérer l'information de chaque voxel traité ? (son
>> information spatiale plus particulièrement.)
>>
>> Merci,
>>
>> Olivier Stern




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