
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Thomas,<div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">I'm writting back to you to know if there is any news about the RTStruct's bug ?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks a lot for your help,</div><div class="">Have a nice day,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">Nérée</div></div><br class="Apple-interchange-newline">

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<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">Le 2 oct. 2017 à 10:53, Neree PAYAN <<a href="mailto:nerea.payan@u-bourgogne.fr" class="">nerea.payan@u-bourgogne.fr</a>> a écrit :</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="margin: 0px; line-height: normal; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span style="font-kerning: none" class="">Hi Thomas,</span></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 14px;" class=""><span style="font-kerning: none" class=""></span><br class=""></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span style="font-kerning: none" class="">Thank you for your answer. I figured it out how I have to do for saving my RTStruct with the PET characteristics. However, I get back to you to know if you have any news concerning the RTStruct’s bug ?</span></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 14px;" class=""><span style="font-kerning: none" class=""></span><br class=""></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span style="font-kerning: none" class="">Thank you for your help,</span></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span style="font-kerning: none" class="">Best regards,</span></div><div style="margin: 0px; line-height: normal; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span style="font-kerning: none" class=""><br class=""></span></div><div class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">Nérée </div></div><br class="Apple-interchange-newline">

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<br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">Le 14 août 2017 à 17:26, Thomas BAUDIER <<a href="mailto:thomas.baudier@creatis.insa-lyon.fr" class="">thomas.baudier@creatis.insa-lyon.fr</a>> a écrit :</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Hi Neree,<br class=""><br class=""><br class="">Actually, I don't know if it's possible to save a transformation matrix in Dicom tag for RTStruct. But it your case, the rotation matrix is not present in the dicom tag.<br class="">To open a RTStruct, vv (or clitkDicomRTStruct2Image, the basis are the same) considers the CT without the rotation matrix. So the coordinates saved in the RTStruct are not correct anymore. It's bug and I'll fix it. I want to finish another thing before, because I'm not sure it's straightforward to debug that.<br class=""><br class="">Don't hesitate if you have others questions<br class="">Thomas<br class=""><br class=""><br class="">On 2017-08-11 17:27, Neree PAYAN wrote:<br class=""><blockquote type="cite" class="">Hi Thomas,<br class="">Thank you for your prompt answer. Indeed you were right, my ROIs were<br class="">saved apparently with the CT characteristics, I have to figure out<br class="">why. I followed your instructions to be able to open the ROIs with the<br class="">PET and CT images, and it works perfectly, thanks for this solution.<br class="">However, I do have some others questions about the RTStruct.<br class="">When I open the RTStruct with the CT which has the identity matrix,<br class="">everything works fine and I can visualize the correct ROIs. If I try<br class="">to do the same with the CT which has a rotation and translation<br class="">matrix, I can’t open the RTStruct. If I understood well, it’s<br class="">because my RTStruct was saved with the rotated Dicom.<br class="">Do the RTStruct and the corresponding image must have necessarily an<br class="">identity matrix or do they must just have the same rotation and<br class="">translation matrix ?<br class="">In our case, couldn't it be possible to pass from the first step<br class="">(clitkDicom2Image) directly to the third (clitkDicomRTStruct2Image) ?<br class="">(by keeping the rotation and translation information in the RTStruct<br class="">instead to transform the CT?)<br class="">Moreover, when I link the two CTs, I noticed that the position of the<br class="">visible ROIs (in the CT transformed) and the positions of the «<br class="">missing ROIs » (in the original CT) are exactly in the same<br class="">coordinates in mm in both CTs. If there is a perfect match (in mm),<br class="">why the rotation and translation matrix prevents for visualizing the<br class="">ROIs ?<br class="">Thank you for your help,<br class="">Best regards,<br class="">Nérée<br class=""><blockquote type="cite" class="">Le 10 août 2017 à 10:34, Thomas BAUDIER<br class=""><<a href="mailto:thomas.baudier@creatis.insa-lyon.fr" class="">thomas.baudier@creatis.insa-lyon.fr</a>> a écrit :<br class="">Hi Neree,<br class="">I already encountered your problems:<br class="">- you can't correctly visualize the ROI with the PET image because<br class="">the spacing of the 3rd dimension of the ROI is 2.5mm (like the CT)<br class="">and 4.0mm for the PET.<br class="">We don't deal with this kind of situation in vv because we expect to<br class="">open the RTStruct with the corresponding image (here the CT).<br class="">- the second problem is that the CT has a Rotation and Translation<br class="">matrix. And in your case the RTStrunt was saved with the rotated<br class="">Dicom.<br class="">In vv, we consider the opposite.<br class="">I'm sorry, this is choices we've done on the software. I'll talk<br class="">with David and Simon to improve it.<br class="">But I have a solution the clitk tools.<br class="">- The fist step is to transform your dicom into mhd:<br class="">clitkDicom2Image Body-Low-Dose_CT/*.dcm -o Body-Low-Dose_CT/CT.mhd<br class="">- You have to transform the CT to have an identity transformed<br class="">matrix: clitkAffineTransform -i Body-Low-Dose_CT/CT.mhd -o<br class="">Body-Low-Dose_CT/CT.mhd --transform_grid<br class="">- Finally, convert your RTStruct into mhd ROI:<br class="">clitkDicomRTStruct2Image -i ROIs/IM-0001-10000-0001.dcm -j<br class="">Body-Low-Dose_CT/CT.mhd -o ROIs/ROI<br class="">Now you can open the ROIs with the PET ant CT images into vv.<br class="">Don't hesitate if you have others questions<br class="">Thomas<br class="">On 2017-08-08 18:40, Neree PAYAN wrote:<br class=""><blockquote type="cite" class="">Dear All,<br class="">I have DICOM PET images with the associated ROIs (= RT-Struct<br class="">DICOM<br class="">format). When I try to visualize them on the PET image, I obtain<br class="">incorrect ROIs in vv while using 3D Slicer everything seems good.<br class="">Moreover, for all my data, ROIs were drawn by merging the PET and<br class="">CT<br class="">scan images, so I’m expecting to be able to visualize them in<br class="">both<br class="">CT or PET images (as is the case with Slicer). But I never<br class="">succeeded<br class="">to visualize the ROIs on the CT with vv.<br class="">Have you got any idea why I have these problems ?<br class="">You can find the CT, PET and RTStruct DICOM on this download link:<br class=""><a href="https://cloud.u-bourgogne.fr/index.php/s/EoJ73gwyHmdoEJo" class="">https://cloud.u-bourgogne.fr/index.php/s/EoJ73gwyHmdoEJo</a> [1]<br class="">Thank you in advance for your help,<br class="">Best Regards,<br class="">Nérée<br class="">Links:<br class="">------<br class="">[1] <a href="https://cloud.u-bourgogne.fr/index.php/s/EoJ73gwyHmdoEJo" class="">https://cloud.u-bourgogne.fr/index.php/s/EoJ73gwyHmdoEJo</a><br class="">_______________________________________________<br class="">vv mailing list<br class=""><a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" class="">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br class=""><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" class="">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><br class=""></blockquote>_______________________________________________<br class="">vv mailing list<br class=""><a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" class="">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br class=""><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" class="">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><br class=""></blockquote>_______________________________________________<br class="">vv mailing list<br class=""><a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" class="">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br class=""><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" class="">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><br class=""></blockquote>_______________________________________________<br class="">vv mailing list<br class=""><a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" class="">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br class=""><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" class="">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a></div></div></blockquote></div><br class=""></div>_______________________________________________<br class="">vv mailing list<br class=""><a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" class="">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br class="">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>