<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi,<br></div>One solution is to change the TransformMatrix. If you want to flip x and y, then change it to<br></div>TransformMatrix = 0 1 0 1 0 0 0 0 1<br></div>Regarding VV, only with the git version and the CLITK_EXPERIMENTAL build option will it display it accurately. But RTK in any case should account for this transform.<br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 12, 2015 at 3:56 PM, Rob Campbell <span dir="ltr"><<a href="mailto:rob@raacampbell.com" target="_blank">rob@raacampbell.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I have converted a 3-D matrix in MATLAB to an MHA/raw file pair. I can load the resulting images in vv but I've notices that the x and y axes are flipped. The MHA file contains:<br>
<br>
ObjectType = Image<br>
NDims = 3<br>
BinaryData = True<br>
DataType = float<br>
CompressedData = False<br>
TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1<br>
Offset = 0 0 0<br>
CenterOfRotation = 0 0 0<br>
AnatomicalOrientation = RAI<br>
ElementSize = 1 1 1<br>
ElementSpacing =  1 1 2<br>
DimSize = 370 592 212<br>
ElementType = MET_FLOAT<br>
ElementByteOrderMSB = False<br>
ElementDataFile = orig.raw<br>
<br>
<br>
I've messed about a bit with AnatomicalOrientation (e.g. setting it to ASL) but this doesn't help. One solution might be to flip the x and y axes before writing the data. Are there other solutions?<br>
<br>
Thanks!<br>
Rob<br>
<br>
_______________________________________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
</blockquote></div><br></div>