<div dir="ltr"><div><div>On 25 October 2013 14:56, Vivien Delmon <span dir="ltr"><<a href="mailto:vivien.delmon@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vivien.delmon@creatis.insa-lyon.fr</a>></span> wrote:<br></div></div>
<div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div class="im">
On 10/23/2013 06:15 PM, Bilal Tahir wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
Thanks Vivien,<br>
<br>
I've got passed the .afdb stage. However I'm getting errors at the<br>
'search for trachea' stage for both the original and LOLA11 algorithms.<br>
The dataset is the inspiration scans for patient 1 of the dir-lab copd<br>
data.<br>
</blockquote>
<br></div>
For the first patient I successfully got a lung mask by manually giving the seed in the trachea.<br>
<br>
clitkExtractLung -i copd1_50.mhd -o MASK/lungs_mask_copd1_50.mhd --seed 150,125,-18<br></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>Hi Vivien,</div><div><br></div><div>Did you use exactly the same command as above for patient copd1_50.mhd? I noticed that you didn't add the -a *.afdb option. I tried your command as above and with the -a option but I was unable to generate a mask. In fact, the program keeps running continuously with a trachea size of 0 and never seems to terminate. I have copied and pasted a small part of the output below but I terminated it after an hour and a half or so. Perhaps you added some additional options as <span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13.333333969116211px">Rômulo had suggested?</span>  Also, I would be very grateful if you could let us know when you have fixed the LOLA11 option. </div>
<div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Bilal</div><div><br></div><div><div>Step 1 -- Copy and crop input image to 'patient' extends</div><div>Step 2 -- Set background to initial image</div><div>
Step 3 -- Remove Air</div><div>Step 4 -- Search for the trachea</div><div>Initial region size using thresholds [-2000, -900], is 0...</div></div><div><div><div>Increasing upper threshold to -836, size is 0(previously 0) ...</div>
<div>Increasing upper threshold to -772, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to -708, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to -644, size is 0(previously 0) ...</div>
<div>Increasing upper threshold to -580, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to -516, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to -452, size is 0(previously 0) ...</div>
<div>Increasing upper threshold to -388, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to -324, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to -260, size is 0(previously 0) ...</div>
<div>Increasing upper threshold to -196, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to -132, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to -68, size is 0(previously 0) ...</div>
<div>Increasing upper threshold to -4, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 60, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 124, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 188, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 252, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 316, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 380, size is 0(previously 0) ...</div>
<div>Increasing upper threshold to 444, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 508, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 572, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 636, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 700, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 764, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 828, size is 0(previously 0) ...</div>
<div>Increasing upper threshold to 892, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 956, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1020, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 1084, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1148, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1212, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 1276, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1340, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1404, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 1468, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1532, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1596, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 1660, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1724, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1788, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 1852, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1916, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 1980, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 2044, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 2108, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 2172, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 2236, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 2300, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 2364, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 2428, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 2492, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 2556, size is 0(previously 0) ...</div><div>
Increasing upper threshold to 2620, size is 0(previously 0) ...</div><div>Increasing upper threshold to 2684, size is 0(previously 0) ...</div></div></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

<br>
The trachea finding part is not very robust. That's why we tried to fix it during LOLA11 challenge. My current version of clitkExtractLung does not work with --type=1 I will try to fix it next week to see what happens.<div class="im">
<br>
<br>
-- <br>
Vivien Delmon<br>
PhD student at CREATIS, Lyon<br>
Supported by ANRT and ELEKTA<br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.<u></u>fr/rio</a><br>
<br></div>
A: Because it messes up the order in which people normally read text.<br>
Q: Why is top-posting such a bad thing?<br>
A: Top-posting.<br>
Q: What is the most annoying thing in e-mail?<div class=""><div class="h5"><br>
______________________________<u></u>_________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.<u></u>fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Bilal Tahir,<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,</div><div>Department of Clinical Oncology,</div><div>University of Sheffield</div>
</div>
</div></div>