<div dir="ltr">Hello Bilal,<div><br></div><div>I know this is not optimal, but currently, the clitkExtractLung need a previous segmentation of the patient contour. It can be obtained with clitkExtractPatient first. The result is a binary image. The txt file .afdb just indicates to clitkExtractLung the filename of the patient contour.  </div>

<div><br></div><div>So in short : try clitkExtractPatient first, it will create the binary image + afdb file. </div><div><br></div><div>keep us in touch if it is working, </div><div>Sincerely, </div><div>David</div></div>

<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 23, 2013 at 5:05 PM, Bilal Tahir <span dir="ltr"><<a href="mailto:b.tahir@sheffield.ac.uk" target="_blank">b.tahir@sheffield.ac.uk</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear VV community,<div><br></div><div>Going back to my previous errors with running <i style="white-space:pre-wrap">clitkExtractLung, </i><span style="white-space:pre-wrap">I would like to know what the .afdb file is and why it is causing errors? I only want to create masks for the left and right lungs and not anything else such as the trachea/airways so I'm not sure why I am getting this error. Perhaps its a mistake in my command line?</span></div>


<div><span style="white-space:pre-wrap"><br></span></div><div><font color="#000000"><span style="white-space:pre-wrap">Best wishes,</span></font></div><div><font color="#000000"><span style="white-space:pre-wrap"><br>
</span></font></div><div><font color="#000000"><span style="white-space:pre-wrap">Bilal</span></font></div></div><div class="gmail_extra"><div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On 17 October 2013 23:08, Bilal Tahir <span dir="ltr"><<a href="mailto:b.tahir@sheffield.ac.uk" target="_blank">b.tahir@sheffield.ac.uk</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear VV community,</div><div><br></div><div>I am getting some errors with clitkExtractLung for the COPD dir lab CT datasets. I basically set the input but leave everything else with default values. Here is my output below:</div>



<div><br></div><div>[md1bat@testnode04 mhd]$ clitkExtractLung --verbose --input=copd1_00.mhd </div><div>Input is 3D short.</div><div>Reading [copd1_00.mhd] ... </div><div>******* Could not read 'default.afdb', create one AFDB. ********</div>



<div><br></div><div>itk::ExceptionObject (0x23f2da0)</div><div>Location: "Unknown" </div><div>File: /home/md1bat/Source/vv/segmentation/clitkAnatomicalFeatureDatabase.txx</div><div>Line: 27</div><div>Description: Could not find the tag <Patient> of type 'Image' in the DB ('default.afdb')</div>



<div><br></div><div><br></div><div>Please let me know your suggestions?</div><div><br></div><div>Also I would like to know if the LOLA11 paper below is the correct reference if I decide to use your method for publications?</div>



<div><br></div><div><a href="http://lola11.com/Results/displayApproved?result=20110708160218_86_CREATIS_CLB_Lyon_graphcut&file=20110708160218_86_CREATIS_CLB_Lyon_graphcut_lola11.pdf" target="_blank">http://lola11.com/Results/displayApproved?result=20110708160218_86_CREATIS_CLB_Lyon_graphcut&file=20110708160218_86_CREATIS_CLB_Lyon_graphcut_lola11.pdf</a> <br>



</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><br><div dir="ltr">Bilal Tahir,<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,</div><div>Department of Clinical Oncology,</div><div>University of Sheffield</div></div>



</div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div>-- <br><div class="im"><div dir="ltr">Bilal Tahir,<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,</div><div>Department of Clinical Oncology,</div>

<div>University of Sheffield</div>
</div>
</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">David Sarrut, Phd<br>Directeur de recherche CNRS<br>CREATIS, UMR CNRS 5220, Inserm U 1044<div>Centre de lutte contre le cancer Léon Bérard<br>

28 rue Laënnec, 69373 Lyon cedex 08<br>Tel : 04 78 78 51 51 / 06 74 72 05 42<br><a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut</a><br>_________________________________</div>

<div> "2 + 2 = 5,  for extremely large values of 2"<br>_________________________________</div></div>
</div>