<div dir="ltr">Hi Tian,<div><br></div><div>For question 2 above, I had asked this previously and below is the answer I received from Stephan Klein, one of the developers of Elastix: </div><div><br></div><div><i><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">"I would do it like this:</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">1) ask your radiologists to click corresponding points in the ORIGINAL fixed and moving images. This gives you two files: fixedpoints.txt and movingpoints.txt. </span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">2) Run </span><span class="" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">elastix</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">: </span><span class="" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">elastix</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"> -f fixed -m moving -p parameterfile -out outdir</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">3) Run transformix to transform the FIXED points: transformix -def fixedpoints.txt -tp outdir/TransformParameters.0.</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">txt -out outdir</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">4) now compare the transformed fixed points (which are stored in outdir/outputpoints.txt) to the original moving points. </span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
<br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">Instead of using the custom </span><span class="" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">elastix</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"> input and output point formats (see </span><span class="" style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">elastix</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"> manual, section on transformix), you could also use .vtk (in legacy asci vtk format). </span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
<br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">Since the transformation is defined as a mapping from the fixed image domain to the moving image domain, you can only directly transform points from fixed to moving image."</span></i><br>
</div><div><i><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></span></i></div><div><font face="arial, sans-serif">For calculation of target registration error, I don't think you can do that in VV. However, I'm sure one of the members on this mailbase has a bash script for this that they could share with us specifically for Elastix. You could also use Matlab.</font></div>
<div><i><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></span></i></div><div><font face="arial, sans-serif">For your first question, you can identify landmarks in VV with the space bar. However, unless it has recently been improved, when I looked into it there were a number of problems using VV for this including being unable to edit a landmark once identified. One of the developers can provide more information on this. As it is open source you can always edit it.</font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Best wishes,</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Bilal</font></div>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 1 October 2013 11:14, qi tian <span dir="ltr"><<a href="mailto:tianqig@gmail.com" target="_blank">tianqig@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi,<br><br></div><div>I have two questions related to landmark points:<br><br>1. Can  vv  be used for clinicians by clicking <br>landmark points for a given image?<br>Ideally  these landmark points can be stored<br>

</div></div>in two files, I could not find any documentation<br> on how  this can be done with vv.<br></div><br><br></div><div>2. Can a transform be applied to  a set <br>of landmark points to create a new set of landmark<br>

 points in vv? For instance, this set of landmark<br>points is from a moving image, the transform <br>is estimated with elastix, then the transformed <br></div><div>landmark points can be compared with ones<br></div><div>

of a target image. This way it helps to  to assess<br> registration  performance.<br><br></div><div>Wonder if this can be done with vv?<br></div><div><br></div><div>Thanks<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br>
</font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Tian<br></div></font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Bilal Tahir,<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,</div><div>Department of Clinical Oncology,</div><div>University of Sheffield</div>
</div>
</div>