<div dir="ltr">Thanks</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 19 September 2013 15:49, Vivien Delmon <span dir="ltr"><<a href="mailto:vivien.delmon@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vivien.delmon@creatis.insa-lyon.fr</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On 09/19/2013 04:48 PM, Simon Rit wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Please use the mailing list.<br>
I am not sure but I believe it is the downsampling factor, i.e.,<br>
display a vector every ten vectors in the vector field.<br>
</blockquote>
<br></div>
It is the down-sampling factor and it acts exactly as you said.<div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Simon<br>
<br>
On Thu, Sep 19, 2013 at 4:39 PM, Bilal Tahir <<a href="mailto:b.tahir@sheffield.ac.uk" target="_blank">b.tahir@sheffield.ac.uk</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear Simon,<br>
<br>
There are 3 options for the deformation overlay field: subsampling, scale<br>
and width. I would like to know what units is the subsampling parameter in?<br>
I.e. If I set to 10 does it mean that it displays vectors for every 10mm or<br>
10 voxels?<br>
<br>
Best wishes,<br>
<br>
Bilal<br>
<br>
<br>
<br>
---------- Forwarded message ----------<br>
From: Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.<u></u>fr</a>><br>
Date: 18 September 2013 07:13<br>
Subject: Re: [Vv] Format for deformation fields in VV<br>
To: vv <<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv@creatis.insa-lyon.fr</a>><br>
<br>
<br>
Hi Bilal,<br>
All the ITK formats should be accepted so if .nii.gz is readable ITK,<br>
it is readable by VV. It's not because the format is not listed from<br>
the gui that it cannot be read. Just give it a try from the command<br>
line, e.g., vv image.mha --vf vf.nii.gz<br>
The format is one file with the displacement vector at each point,<br>
i.e., itk::Image< itk::Vector<float, 3>, 3>. The vector is in mm and<br>
the location of the vector is given with the origin and spacing of the<br>
image, as usual in ITK.<br>
Simon<br>
<br>
On Tue, Sep 17, 2013 at 7:38 PM, Bilal Tahir <<a href="mailto:b.tahir@sheffield.ac.uk" target="_blank">b.tahir@sheffield.ac.uk</a>><br>
wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear VV community,<br>
<br>
I would like to visualize the deformation fields from image registration.<br>
I<br>
have been experimenting with ANTS registration which outputs warped and<br>
inverse deformation fields in .nii.gz format but I noticed that .nii.gz<br>
format was not among the list of supported formats - only the .nii format.<br>
<br>
In addition, I would like to know if VV requires a specific format to view<br>
the deformation fields? I.e. does it need the X,Y,Z images in one file or<br>
as<br>
3 separate images? In addition does it have any requirements on the<br>
intensity values of the X, Y, Z images in terms of coordinate systems?<br>
<br>
Best wishes,<br>
<br>
Bilal Tahir,<br>
James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,<br>
Department of Clinical Oncology,<br>
University of Sheffield<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.<u></u>fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
<br>
</blockquote>
______________________________<u></u>_________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.<u></u>fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Bilal Tahir,<br>
James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,<br>
Department of Clinical Oncology,<br>
University of Sheffield<br>
</blockquote>
______________________________<u></u>_________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.<u></u>fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
<br>
</blockquote>
<br>
<br>
-- <br></div></div>
Vivien Delmon<br>
PhD student at CREATIS, Lyon<br>
Supported by ANRT and ELEKTA<br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.<u></u>fr/rio</a><br>
<br>
Bibliothèque logicielle :<br>
On retrouve parfois le terme librairie issu du faux ami anglais library.<br>
Librairie se traduisant bookshop en anglais c'est donc un abus de<br>
langage et une erreur. (Wikipedia)<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
______________________________<u></u>_________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.<u></u>fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Bilal Tahir,<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,</div><div>Department of Clinical Oncology,</div><div>University of Sheffield</div>
</div>
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