<div dir="ltr">Thanks, Simon.<div><br></div><div>It seems to be working.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Bilal</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 18 September 2013 07:13, Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Bilal,<br>
All the ITK formats should be accepted so if .nii.gz is readable ITK,<br>
it is readable by VV. It's not because the format is not listed from<br>
the gui that it cannot be read. Just give it a try from the command<br>
line, e.g., vv image.mha --vf vf.nii.gz<br>
The format is one file with the displacement vector at each point,<br>
i.e., itk::Image< itk::Vector<float, 3>, 3>. The vector is in mm and<br>
the location of the vector is given with the origin and spacing of the<br>
image, as usual in ITK.<br>
Simon<br>
<div><div class="h5"><br>
On Tue, Sep 17, 2013 at 7:38 PM, Bilal Tahir <<a href="mailto:b.tahir@sheffield.ac.uk">b.tahir@sheffield.ac.uk</a>> wrote:<br>
> Dear VV community,<br>
><br>
> I would like to visualize the deformation fields from image registration. I<br>
> have been experimenting with ANTS registration which outputs warped and<br>
> inverse deformation fields in .nii.gz format but I noticed that .nii.gz<br>
> format was not among the list of supported formats - only the .nii format.<br>
><br>
> In addition, I would like to know if VV requires a specific format to view<br>
> the deformation fields? I.e. does it need the X,Y,Z images in one file or as<br>
> 3 separate images? In addition does it have any requirements on the<br>
> intensity values of the X, Y, Z images in terms of coordinate systems?<br>
><br>
> Best wishes,<br>
><br>
> Bilal Tahir,<br>
> James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,<br>
> Department of Clinical Oncology,<br>
> University of Sheffield<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> vv mailing list<br>
> <a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
> <a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
vv mailing list<br>
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr">vv@creatis.insa-lyon.fr</a><br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">Bilal Tahir,<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging,</div><div>Department of Clinical Oncology,</div><div>University of Sheffield</div>
</div>
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