Dear Stefan,<div><br></div><div>It works perfectly. Thank you very much.</div><div><br></div><div>All the best,</div><div><br></div><div>Bilal</div><br><div class="gmail_quote">On 20 March 2013 18:52, S. Klein <span dir="ltr"><<a href="mailto:s.klein@erasmusmc.nl" target="_blank">s.klein@erasmusmc.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Hi Bilal,<br>
I would do it like this:<br>
1) ask your radiologists to click corresponding points in the ORIGINAL fixed and moving images. This gives you two files: fixedpoints.txt and movingpoints.txt.
<br>
2) Run elastix: elastix -f fixed -m moving -p parameterfile -out outdir<br>
3) Run transformix to transform the FIXED points: transformix -def fixedpoints.txt -tp outdir/TransformParameters.0.txt -out outdir<br>
4) now compare the transformed fixed points (which are stored in outdir/outputpoints.txt) to the original moving points.
<br>
<br>
Instead of using the custom elastix input and output point formats (see elastix manual, section on transformix), you could also use .vtk (in legacy asci vtk format).
<br>
<br>
Since the transformation is defined as a mapping from the fixed image domain to the moving image domain, you can only directly transform points from fixed to moving image.<br>
<br>
Kind regards,<br>
Stefan<div><div class="h5"><br>
<br>
<div>On 20/03/2013 19:06, Bilal Tahir wrote:<br>
</div>
</div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
Dear VV community,
<div><br>
</div>
<div>We are planning to get a radiologist to define corresponding landmarks on fixed/moving inspiration/expiration CT lung images using VV. We use elastix for image registration. Once the registration is performed, is it possible to use VV/CLITK to compute
 the target registration error (TRE) between the fixed image landmarks and the registered moving image landmarks?</div>
<div><br>
</div>
<div>Furthermore, we would like the landmarks to be defined on the moving image prior to registration so that we can try different parameters to assess which gives the best TRE. Perhaps this is outside the scope of the mailbase, but has anyone done something
 similar using Elastix, where the coordinates of the expert landmarks are defined prior to registration using VV and new coordinates computed depending on the registration algorithm?</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div> <br>
Bilal Tahir,
<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging</div>
</div>
<br>
<fieldset></fieldset> <br>
</div></div><pre>_______________________________________________
vv mailing list
<a href="mailto:vv@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv@creatis.insa-lyon.fr</a>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/vv</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></pre><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
<pre cols="72">-- 
Stefan Klein
<a href="tel:%2B31%2010%207043049" value="+31107043049" target="_blank">+31 10 7043049</a>
<a href="http://www.bigr.nl/people/StefanKlein" target="_blank">http://www.bigr.nl/people/StefanKlein</a></pre>
</font></span></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Bilal Tahir,<div>James Morrison Researcher in Radiotherapy Imaging</div>