<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>The wiki needs to be integrated into the new RTK doc mechanism and cleaned up, sorry about this.<br></div><div>1. You can now find the parameter file <a href="https://github.com/SuperElastix/ElastixModelZoo/tree/master/models/Par0016">here</a>.<br></div><div>2. clitk tools are distributed along <a href="http://vv.creatis.insa-lyon.fr">vv</a>.</div><div>3. The demo data is from a conventional CT. The literature is vast on how you can estimate a 4D DVF from a 4D CBCT image and out of the scope of RTK... I would still test this parameter file to start with.</div><div>Good luck!</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Sep 19, 2024 at 11:29 AM Sean Lam <<a href="mailto:sseeaannlam@gmail.com">sseeaannlam@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><p style="box-sizing:border-box;line-height:1.71429;margin-bottom:1em;margin-top:1em;color:rgb(44,44,54);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Noto Sans",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:16px">Dear RTK Developers,</p><p style="box-sizing:border-box;line-height:1.71429;margin-bottom:1em;margin-top:1em;color:rgb(44,44,54);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Noto Sans",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:16px">I hope this email finds you well. Recently, I have been attempting to use the motion compensation feature in rtkfdk and have encountered several issues. I would greatly appreciate your assistance in resolving them.</p><ol style="box-sizing:border-box;line-height:1.71429;margin-bottom:0px;margin-top:0px;padding-left:2em;color:rgb(44,44,54);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Noto Sans",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:16px"><li style="box-sizing:border-box">When following the example provided on the rtkwiki to attempt motion compensation and generate DVF, I noticed that the file <code style="box-sizing:border-box;font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,"SF Mono",Menlo,Consolas,"Liberation Mono",monospace;font-size:13.6px;background-color:rgba(175,184,193,0.2);border-radius:6px;margin:0px;padding:0.2em 0.4em">Par0016.multibsplines.lung.sliding.txt</code> is missing.</li><li style="box-sizing:border-box">In the section where the DVF is generated, are <code style="box-sizing:border-box;font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,"SF Mono",Menlo,Consolas,"Liberation Mono",monospace;font-size:13.6px;background-color:rgba(175,184,193,0.2);border-radius:6px;margin:0px;padding:0.2em 0.4em">clitkMatrixTransformToVF</code> and <code style="box-sizing:border-box;font-family:ui-monospace,SFMono-Regular,"SF Mono",Menlo,Consolas,"Liberation Mono",monospace;font-size:13.6px;background-color:rgba(175,184,193,0.2);border-radius:6px;margin:0px;padding:0.2em 0.4em">clitkComposeVF</code> applications of elastix? The version of elastix (5.2) that I downloaded does not contain these two applications.</li><li style="box-sizing:border-box">Given the context of Cone Beam CT (CBCT), how can I generate my own DVF files? It appears that the demo data seems to be from a flat-panel CT.</li></ol><p style="box-sizing:border-box;line-height:1.71429;margin-bottom:1em;margin-top:1em;color:rgb(44,44,54);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Noto Sans",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:16px">Thank you very much for your help. Your guidance will be greatly appreciated.</p><p style="box-sizing:border-box;line-height:1.71429;margin-bottom:1em;margin-top:1em;color:rgb(44,44,54);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI","Noto Sans",Helvetica,Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji";font-size:16px">Best regards
Sean</p></div>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank">rtk-users@openrtk.org</a><br>
<a href="https://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>