<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>Please stick to the mailing list.</div><div>Well done with the ProjectionsReader. To minimize the Python package, we indeed avoid wrapping GPU types when it's not needed. Conversion to CPU image type is rather easy as you've experienced.<br></div><div>It's a bit hard to help with one projection only and without knowing what the result is.</div><div>RTK indeed converts ushort files to float because it attempts to convert input files to line integrals. In theory, everything is templated but we only test float/double data types.</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 25, 2023 at 6:12 PM Victor Hu <<a href="mailto:victorhu233@gmail.com" target="_blank">victorhu233@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">After changing `rtk.ProjectionsReader`'s type as CPUImageType, it works. But the reconstruction result is very odd. I tuned a number of parameters but still failed. The attachment includes

FirstCudaReconstruction.py file and one of my .tif image. I'd appreciate it if you could help.<div><br></div><div>By the way, the data in my .tif file is 16bit (usigned short, USHORT), but it seems that RTK only accept float type. Therefore, the final .raw file is in float type. Is there a way to read, reconstruct and save in USHORT?</div><div><br></div><div>Thanks in advance.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Victor Hu <<a href="mailto:victorhu233@gmail.com" target="_blank">victorhu233@gmail.com</a>> 于2023年8月24日周四 15:25写道：<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello Simon,<div><br></div><div>`rtk.ProjectionsReader` seems to be not able to read type GPUImageType which is the same as the example `FirstCudaReconstruction.py`. Any suggestions?</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> 于2023年8月20日周日 13:36写道：<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>The rotation axis in ITK is the Y axis.</div><div>Yes, it does not matter if the size in not the same in every direction.</div><div>You need to use the Cuda version of the package, itk-rtk-cuda116, see <a href="https://github.com/SimonRit/RTK/blob/master/INSTALLATION.md" target="_blank">INSTALLATION.md</a>.</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Aug 20, 2023 at 7:31 AM Victor Hu <<a href="mailto:victorhu233@gmail.com" target="_blank">victorhu233@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello RTK team and Simon,<div><br></div><div>I've corrected sid and sdd, which are 200 and 1850. However, the reconstructed result (3d tif image) is so strange. Is it a series of slice along with Z axis?</div><div><br></div><div>I tried change the output size to 500*500*250. Is it OK if it's not the same in z dimension?</div><div><br></div><div>The CPU version was time-costing, so I turned to GPU version. However, an error just occurred:  AttributeError: module 'RTK' has no attribute 'CudaImage' when executing ' GPUImageType = rtk.CudaImage[itk.F,3] '. What's wrong and how to fix it?</div><div><br></div><div>Thanks in advance.</div></div>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank">rtk-users@openrtk.org</a><br>
<a href="https://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>