<div dir="ltr"><div>Yes, the origin is the center of the first pixel in ITK see e.g. <a href="https://itk.org/ITKSoftwareGuide/html/Book1/ITKSoftwareGuide-Book1ch4.html#x45-54001r1">figure 4.1 of ITK's software guide</a>.</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jun 26, 2023 at 11:03 AM Albert MURIENNE <<a href="mailto:Albert.MURIENNE@b-com.com">Albert.MURIENNE@b-com.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg8063419538893559805">





<div lang="FR">
<div class="m_8063419538893559805WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US">Hello Simon,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US">Glad to hear you’re still actively maintaining RTK
</span><span style="font-size:11pt;font-family:Wingdings;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US">J</span><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US">I made some tests following your advices, and everything is now working fine!<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US">I had already started playing with the projections origin, but I was missing the point about the rotation convention.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US">I guess the xxx.75 origin coordinates are related to the origin being at the “center” of the pixel?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US">Regards,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US">Albert
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:rgb(31,73,125)" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif">De :</span></b><span style="font-size:11pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Simon Rit [mailto:<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>]
<br>
<b>Envoyé :</b> jeudi 22 juin 2023 11:47<br>
<b>À :</b> Albert MURIENNE <<a href="mailto:Albert.MURIENNE@b-com.com" target="_blank">Albert.MURIENNE@b-com.com</a>><br>
<b>Cc :</b> <a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank">rtk-users@openrtk.org</a><br>
<b>Objet :</b> Re: [Rtk-users] Problem reconstructing from synthetic data<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi Albert,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Nice to hear that you are still working on CT. There are two things that must be accounted for<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">- there is a difference in convention for the rotation angle between gVirtualXRay and RTK,<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">- the projections are not centered if the origin is 0.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The following command lines work for me:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Courier New"" lang="EN-US">rtksimulatedgeometry -n 360 -a -360 -o g  --sdd 1000 --sid 500<br>
rtkfdk -p . -r 'projection([0-9]*).tif' -o fdk.mha --neworigin -159.75,-119.75,0 --newspacing 0.5 --nsort --submatch 1 --hardware cuda -g g</span><span lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Let me know if something is unclear,<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Simon<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">On Wed, Jun 21, 2023 at 10:04 AM Albert MURIENNE <</span><a href="mailto:Albert.MURIENNE@b-com.com" target="_blank"><span lang="EN-US">Albert.MURIENNE@b-com.com</span></a><span lang="EN-US">> wrote:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<blockquote style="border-color:currentcolor currentcolor currentcolor rgb(204,204,204);border-style:none none none solid;border-width:medium medium medium 1pt;padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin:5pt 0cm 5pt 4.8pt">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hello,<br>
<br>
I'm struggling to reconstruct properly a synthetic projection images sequence using RTK.<br>
The sequence was generated using gVirtualXRay (</span><a href="https://gvirtualxray.fpvidal.net/" target="_blank"><span lang="EN-US">https://gvirtualxray.fpvidal.net/</span></a><span lang="EN-US">) and a dragon 3D model, and represents a full 360 degrees CBCT
 tomographic sequence, with a 500mm SID and 1000mm SDD, 0.5mm pixel size with a 640x480 image resolution, and without any offsets (perfect circular geometry). I tried reconstructions with the simplest FDK and SART implementations, inspired by RTK provided code
 examples, using rtk::ProjectionsReader to read the images and rtk::ThreeDCircularProjectionGeometry to read the geometry, but the results are not good, and I don't really know if the problem comes from the data or from my reconstruction implementation.<br>
<br>
The images data, as well as the xml geometry I generated, are available for download at this link:<br>
<br>
</span><a href="https://filesender.renater.fr/?s=download&token=bc8f87b4-989c-46d7-8c4b-dac39a4df0e1" target="_blank"><span lang="EN-US">https://filesender.renater.fr/?s=download&token=bc8f87b4-989c-46d7-8c4b-dac39a4df0e1</span></a><span lang="EN-US"><br>
<br>
Could you help me pinpoint the origin of my problem? Does it come from the data itself?<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Albert<br>
Murienne <br>
<br>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
</span><a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank"><span lang="EN-US">rtk-users@openrtk.org</span></a><span lang="EN-US"><br>
</span><a href="https://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank"><span lang="EN-US">https://www.creatis.insa-lyon.fr/mailman/listinfo/rtk-users</span></a><span lang="EN-US"><u></u><u></u></span></p>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>

</div></blockquote></div>